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其後龍馬便於各藩之間奔波，並促成薩摩藩與長州藩的薩長同盟。認爲只有聯合起各藩之力量，才能推翻幕府統治。1865年，龍馬與好友們在當時西日本最大的貿易港長崎龜山創建了會社(又稱龜山社中)，坂本龍馬任社長。成立社中的目的為薩摩藩的船從事海運和貿易事業。龍馬也是大政奉還的籌劃者，其並主張日本之開國，提出許多改革日本的方案，如船中八策等。

1867年11月15日夜，在京都近 江屋，龍馬正與中岡慎太郎談話時，受到幕府見回組七人的偷襲，被暗殺身死，同席的中岡慎太郎亦遭刺身亡。龍馬死時方三十二歲，結束傳奇的一生，死後葬於京都東山靈山護國神社。 

坂本龍馬寓居之址

海援隊京都本部。一樓為販賣工藝品的店，二樓則是龍馬的紀念館，入內需門票600日元。海援隊為龍馬所設立之龜山社中因擴大而更名，其目標為：航運謀利、應援出沒、開拓海島、調查五洲。

坂本龍馬遇刺之地。位於河原町與蛸藥師町路口。現在已是京都熱鬧的河原町上的旅行社

於是花了20分鐘從熱鬧的四條河原町騎車到東山的靈山護國神社一帶。入場去參拜龍馬之墓門票是300日幣，而龍馬的墓係與共同遇刺的中岡慎太郎合葬。圖左為龍馬，右為中岡。