Lucas' Place

＜上篇＞己經介紹了一下為什麼要壓寶　Next generation sequencing (NGS) 為明日之星，本想開始介紹NGS的應用，可是我想好像要分享一下目前常用的NGS系統，給想入門的朋友作一個參考，實事上，這是反而是最常被問到的問題（敗家議題誰不愛）。不過必須先強調我不是這方面的權威，純粹是因為要開始這方面的研究，收集了一些資料的筆記順便跟大家分享，大家請不要把這邊的論述當作評比文，我的立場並不公正。如果有業界的朋友發現我並沒有真的了解你們的產品，要上訴或提供更詳細的資料，我非常歡迎，留言或留信都可以。

言歸正傳，上回說到NGS 最主要的突破在於改進分子操作流程，以往需要大量人力的ＤＮＡ分離放大步驟，現在利用巧妙的設計，可以在試管內進行，因此節省了大量的成本及時間。這放大流程是ＮＧＳ系統的核心競爭力，目前市面各系統有各自不同放大流程及定序方法，因而各有優缺。

Roche 454 GS-FLX System




454 life science 是Roche 旗下的公司，算是NGS 商業化系統的先驅。



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怪獸問神獸:
為什麼村民那麼害怕你，從來沒看過你吃人，村民卻自動的獻上牲口，還對你當神一樣的尊敬。
我們明明是一樣的。


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最近由美國牛肉進口引發的狂牛症恐慌，還搞到有人演出熱血吃大便的戲碼，真是亂世出英雄啊！吃大便也能有出頭天。牛肉會進口在某種程度上是一種政治妥協，據說是來換(台北貿易架構協議（ＴＩＦＡ）」、美國爭取引渡協定、加入免簽證計畫）如果是這樣，我覺得還蠻划算的，牛肉進口我們可以選擇不吃，但光想到美國免簽證跟把王又曾引渡回來，那就值回票價了，更何況自由貿易對台灣有是無比重要的，你可以想像美國人如果發起拒用台灣３Ｃ用品的運動，我不覺得台灣經濟可以安然渡過。

外交的利益糾葛與政治觀點不同，基本上是相對的，而且也沒有正確答案，我完全可以理解反對牛肉進口者的心情，所以不會對此有什麼激烈的抗辯，正如我不會去反對別人吃西瓜吐西瓜子一樣。

我真正要說的是，政治可以有模糊地帶，讓大家用公投來解決，但科學沒有，科學的語言，每一句都必需要用証據來堆積，（切換李昌鈺模式：有一分証據說一分話），科學的真象並不會因為有人吃了牛大便，牛屎就變的比牛肉安全（即使牛肉來自一個曾經傳出狂牛症國家），在科學上要說＂牛屎比較安全＂這句話，可能要找個幾百人，分兩 組，一半的人每天吃大便漢堡，一半的人每天吃牛肉漢堡，然後追踪一下那一組人健康受到的傷害比較嚴重？不過，這個驗証似乎不用作，結果也顯而易見，目前已知唯一吃大便漢堡的人，第一次就當場抓兔子了。



BSE 蛋白質的結構


最近，看到另一個刺眼的資訊，不斷的有人提到狂牛症的蛋白質可以在攝度六百度的高溫下存在，六百度下應該沒有任何蛋白質分子可以存在的，因為最基礎的碳氫鍵在這種溫度下都不可能存在，更何況構型什麼的。這資訊雖然令人菲疑所思，但支持者指証歷歷，讓我不經好奇的想去找一下他的科學依據。



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今天天氣好到不行，本來想去爬山的，可是Bearing 跑去台中開會，而我也有些急事要趕，所以就在家宅了，天氣微涼，暖暖秋陽，在書房室內也非常舒適，喵子貼心的在房間裡陪我。 認真了兩個小時，有點煩燥，決定來休息一下，跟喵子玩一下他最愛的火箭炮吧！只回頭一看！大吃一驚！



只看到喵子已經翻倒了，四肢僵硬了！

怎麼可能，前一刻不是還好好的，

昨天還多吃了我好多飼料，也沒有食欲不振的現象..

怎麼不說一聲就掛了....

喵子！你不能死啊....

我才剛買了三大包的飼料，沒有你家裡還有誰肯吃那種噁心的飼料！

你走了，誰來陪我玩貓咪火箭炮，機關槍....

還記得嗎？我們一起許下要連續一千次火箭砲，打破金氏紀的夢想，沒有你，我要怎麼去實現。

而且，我也才剛研發出貓咪坦克車的新招式。

喵子，你醒醒啊!

嗚.....

豆大的眼淚，不爭氣的滴了下來，淚水模糊了視線。



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這個週日,新血來潮把樓上的地板清理了一下,也順便把因為潮溼而腐蝕的木地板給換了.  我家的是二十幾年的老公寓了,主體結構尚稱健壯,不過年紀大了,外牆總有些小裂縫會滲水,木地板碰到水就很麻煩了(下一次再也不要用這種不耐久的地板了!).  翻箱倒櫃找到了備有的地板來換,拿了工具翹開腐蝕區域! X 字脫口而出,事情大條了!木地板已經成了白蟻窩了!



有關這折磨人的小東西的故事,已經耳聞許多了,沒有想到這一次居然自己當了主角,心裡實在惶恐. 白蟻這種社會型的昆蟲,就組織理論而言,算是地球上最成功的物種之一了,自然不能用普通的方法來對付了,於是我來到了孤狗大學.選了一門"如何搞死白蟻"的學分來修習. ,我想我的筆記也許對與我同病相憐的苦主有許幫助....



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在學術界，需要活在時代擴張的邊綠，才能有機會創造新知，所以八卦天線要長，才能掌握時代的脈動，常常閱讀新發表的學術文章，參加國際會議都是很重要的，不過，Lucas 是個懶宅男，所以都是用宅男的方法來收集八卦，例如訂閱噗浪及 部落格。今早上看到 "宅神" 部落格介紹了一場好演講（想不到這個沒品的胖子，除了到處放砲，鼓動鄉民外，也是有深度的！）

這篇演講實在一針見血，描述了現代科技與商業（或人類生活）的同共演進模式。

科技的長尾 Technology’s Long Tail



講者：Chris Anderson《連線》總編輯　（圖片引用自：MyXOOPS 開放學程）

其中，有關基因體定序的部份，不正是我還在寫的Next generatation sequencing 的衝擊嗎？！

（以下節錄自：MyXOOPS 開放學程）

＂先談談基因排序吧。各位應該知道，基因排序整體而言，因為它都是用電腦進行，所以價格大幅下降，降幅就像是摩爾定律一樣。現在將有可能，或說未來將有可能，（如果Craig Venter今天能到場，他就能告訴各位），今年底人類基因排序將可以降價到四千萬美金，幾年前還需要十幾億美金。我們獲得造物主能力的時機已經越來越接近了。

 更有趣的是，我們所發現的基因數(性狀)也正在快速增加當中。這每個基因都代表一個診斷測試的可能。終有一天，你可以用非常便宜的價格完成數萬種測試；只要你想知道，你就可以瞭解自己的每塊拼圖。這是另一個接近臨界價格的科技。 ＂

這是一場很棒的演講，只是可惜太短了點，有很多梗看起來都還沒用出來！好了不多說，如果有興趣請詳閱全文。

現場原文演講，請參閱＜＜點我＞＞
朱宅神為大家翻譯了全文，請參閱　＜＜點我＞＞
 

新世代定序技術 (Next Generation Sequencing) 這波大浪來勢洶洶，可以預見未來幾年內整個基因體學將又有一波新革命，如果想在未來十年引領風騷，那現在就該換上泳衣跳下海逐浪了。從沙巴回來，一直想著我們跟其它國家的差距，所以想用幾篇文章跟大家簡單的分享一下NGS原理及應用，希望能拋磚引玉，引起更多 NGS 的討論。


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為了手上一個project， 不得不涉獵Sequence alignment， 這個類分析一個非常複雜的問題， 但又十分重要。在生物學上，我們是用這個方法來比對基因序列，例如貓跟狗的基因像不像，小貓熊寶寶的爹有沒有可能是隔壁籠的台灣黑熊。聽其來很有意思，不過，事實上，非常的枯燥，我們工作的結果像是下面這段序列比對一樣，基本上，是拿兩本有字天書，逐字比對。



且慢，如果你不是這個領域的朋友，別急著轉台....



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最近研究計劃終於從寫程式漸漸回到科學層面了，所以最近的工作是忙著把收集資料，作為 OOD程式的材料。開始為常用的 microarray 找好註解檔，這樣才能從訊號轉化為生物的知識，首先從最常用的Affymetrix chip 下手，不過開始就踢到鐵板了，因為一些技術問題，所以不太容易直接下載 affymetrix 官網的晶片註解檔，有點傷腦筋。不過危機即是轉機，反正 Affymetrix 的註解風評一直不是很好。而且那個平扁化的註解，使用上也很沒有效率，現在OOD已經能用吸星大法同步幾個重要的 生資資料庫了，就興起了自己來作註解檔的念頭，我想效率會更好。

要如何用關聯資料庫註解 Microrray 呢？答案就在 UCSC genome中，這是一個以前幫某為重量級的長官救火時發現的資料庫，UCSC 一直負責維護 human genome project 的資料，並從這個定序結果 (golden path)為主幹 ，他們提供了已知的 gene, mRNA, protein, snp, .... 等等註解，更棒的是他們也是幾個主流的 array 註解來源，例如Affymetric, Agilent, illumnia...., 所以透過他們的資料連結，就想任意門一樣自由的轉換資料的模式，很夢幻吧！

不過，要擁有任意門的代價不小，hg18 版本總共 250 Gb ，是巨型的 database，這也是我為什麼花大本建 raid 硬碟陣列的原因。不過硬碟安全是沒有的，今天上午，OOD試車時，不小心毀了MySQL, 結果上次下載的 hg18一起共赴黃泉了，所以再強的防護還是檔不了內部的破壞（所謂內賊難防，不是嗎？！）。下午想說再來下載一次時，發現隔了三年,hg19終於現世了，而且結構似乎跟 hg18 不太一樣說！官方的說法是 hg19 的註解資料還沒完成，所以大家用hg18 先，可是我現在就要分析 database schema 來組裝 array annotation。我要等遙遙無期的 hg19, 還是先做 hg18 然後被突然現世的hg19 重重的打擊呢！痛苦啊！

今天的議程是Bioinformatics workshop，所以像我這種宅男註定要留守，一早看到蔚藍的海景，真是一個適合出去玩樂的天氣啊！想到這裡有種被老天爺嘲弄的感覺。



Bearing 昨天已經揪好團要去看長鼻猴了，所以下午只剩下我死守，會議結束後回到房間陪我的只有這隻怪魚，飯店裡每個房間這麼一隻，他可不是裝飾品喔，有非常重要的功用，同團的伙伴第二天就忍不住拿來用了，我個人還蠻喜歡他的，回國時還買了一隻回家，要不要猜一下他是作什麼用的？！





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