在曾經實施慣行農法(使用農藥和肥料)的土地上，開始轉作秀明自然農法的前幾年，作物收成的質與量會很明顯的降低許多，因為要將遭受污染而失序的土地恢復平衡是需要相當長的時間(至少4~8年)。而且如果手上沒有自家採種的種子，那麼要讓吃慣農藥肥料的作物回復原始狀態又要好幾年的時間。這段期間可能一丁點的收穫都沒有，是最折磨人性的時刻。