文澳清水祖師驅鼠疫
調寄風入松
腳伸灶火望熊熊 黑面祖師公 當年為嫂三餐作 沒柴燒 自在胸中 一旦成神濟世 掛心人被災凶
化身投藥妙何窮 鼠疫滅無蹤 清溪垂庇民興廟 漂來木 雕塑尊容 文澳威靈赫赫 恩施四境崇隆<陳鼎盛>
燭香繚繞火光熊 顯赫眾尊公 清溪垂庇高懸掛 康熙時 遙記心中 文澳慘遭鼠疫 祖師神化驅凶
藥丸奇效解途窮 感念覓行蹤 得來舟楫曾供奉 民歡喜 一睹顏容 雕像廟興膜拜 迄今廣蔭昌隆<陳國彥>
清水祖師，據稱迺福建人，早歲而孤，依兄嫂維生。兄長年浪跡天涯，不顧家計，嫂不視其為叔，給予諸多苦役，燒飯洗衣亦不可免，打罵兼而有之。祖師逆來順受，盡心侍奉不違。
有歲苦旱，樹木枯萎，家家無柴生火，人人苦惱萬分。惟祖師之家，日日炊飯無虞，如何做飯？嫂心疑之，一日侵晨，入庖廚窺伺，但見祖師一足輕輕入灶，頓時燃起大火熊熊，祖師凝視，並無痛苦之狀；嫂子見狀，不覺呀然驚叫！驚醒祖師，顧視嫂子，或因長受欺凌，一時心生畏懼，祖師連人帶腳，一併竄進爐灶，煙囪冒出黑煙，一團直衝霄漢，其德感動玉帝，將他超渡成佛。
文澳，舊時澎湖廳治所在也，地域廣闊，風景毓秀。相傳有歲，民罹鼠疫嚴重，朝廷束手無策，未能早占勿藥，一任疫情蔓延。
一日，村中有名老者，可憐其妻病重，聽聞媽宮城裡，有奇異特效藥草，趕往採摘，行至今忠烈祠處，見一老人，裝扮怪異，問：何事匆忙？具以告之。迺自懷中取藥丸一包，囑以患者服之，賸餘分送他人。老者心存感激，問老人名姓，家住何方？只道：寄居泊於文澳海面船上。
一自文澳居民服其藥，病迺霍然而癒，口碑神奇，紛紛打聽送藥人，俾當面致謝也。覓得船主，非彼老人，亦無老人，船主莫名。後經老者描述所見老人容貌、神態，「其非船上供奉之黑面祖師爺乎？」，船主頓悟，引而觀之，果然，神像、老人，差無分毫！眾人感奮，一番商議，迺取清水祖師之「香火」而歸，俟建廟奉祀。
建廟之時，海上漂來硬木，手掌大小，上書「清水祖師」，居民咸認祖師之靈感也，以此雕神像一座。祖師廟成，俎豆馨香，遠近參拜，絡繹不絕。
而「澎湖記略」載：祖師廟，廟在廳治之西半里許，康熙年間建，‧‧‧所祀之神稱曰祖師。詢之里民，云：前康熙年間有一和尚從泉州清水巖到此，與人治病，極有神效，不取藥資，即送錢米亦不收受，甚有道行，去後，因立廟云報也。」內有「清溪垂庇」古匾，上款題「太歲乙巳年」，應是康熙四年（1665）。
