礙於經費有限，政府無法所有疫苗一口氣全買單，衛生署規劃有五年五百億的國家疫苗基金計畫，逐年推動，所編列的預算，是依照預防接種委員會專家所建議的期程與順序排列，疾管局發言人施文儀表示，今年7月份，率先開打的是5歲以下高危險族群幼童，公費施打「肺炎鏈球菌疫苗」，明年則規劃將幼兒五合一或六合一疫苗納入公費。

依據衛生署預防接種諮詢委員會所排定的五項建議優先導入新疫苗種類，包括「以減量的破傷風、白喉、非細胞性百日咳混合疫苗取代現行國小一年級全面接種的破傷風減量白喉混合疫苗」、「5歲以下高危險群接種肺炎鏈球菌疫苗」(今年七月實施)，至於幼兒五合一或六合一疫苗，最快99年也可望全面改列公費疫苗，至於肺炎鏈球菌疫苗，未來也計畫將全國五歲以下幼童納入常規接種。專家建議，與生命有關的自費疫苗，政府應優先盡快改列公費施打。

疾管局表示，公費疫苗並無區分免費強制施打或是非強制免費施打，只要符合條件，可按時接種，若不接種並不違法，只是會缺少保護力，損失自己的權益。