司馬庫斯地名的由來，據部落耆老口述，是為了紀念一位名為 Mangus（馬庫斯）的祖先，在雪山北支線及東泰野支線附近落腳，建立部落，後世子孫位紀念他，便將部落命名為” 司馬庫斯”，前司字為紀念意思，此即為部落名稱由來。Smangus（司馬庫斯）則是對於這位祖先的尊稱。

位在尖石鄉海拔1500公尺高山上的司馬庫斯，可能是台灣最偏僻的原住民部落。 這裡在15年前才開始有電力供應，為全台最後一個通電的地方，對外的道路更是在民國84年才開通，故又被稱為「黑色部落」。